Establecimiento de las relaciones filogenéticas de la nutria gigante de río; Pteronura Brasiliensis, la taira; Eira Barbara, y el hurón; Galictis Vittata y otros mamíferos basados en la secuencia parcial del gen 12S rRNA y la región control D-Loop del DNA mitocondrial

Abstract

La nutria gigante de río; Pteronura brasiliensis, la taira; Eira barbara y el hurón; Galictis vittata, son animales carnívoros pertenecientes a la familia Mustelidae, los cuales se caracterizan por presentar grandes adaptaciones a diferentes hábitats. A pesar de esto, se encuentran amemzados, debido a la caza y destrucción de su medio ambiente, por lo cual es necesario realizar estudios para conocer más acerca de estas especies y así poder ayudar a su conservación. Con dicho fin, se realizó un estudio para establecer las relaciones filogenéticas entre estos tres mustélidos y 27 mamíferos basados en las secuencias parciales del gen 12S rRNA y la región DLoop del mtDNA. El DNA fue extraído a partir de muestras de pelo, mediante el método de Fenol-Cloroformo, con el cual se obtuvo DNA de buena calidad entre 20-30 ng/gl para los tres mustélidos. Se estandarizó la PCR para amplificar la región control D-Loop y el gen 12S rRNA del mtDNA en mustélidos. Se ensayaron varios programas de termociclado, así como diferentes concentraciones de MgC12, Taq DNA polimerasa, DNA, y oligonucleótidos. Para el gen 12S rRNA se obtuvo una amplificación especifica de 950 Pb aproximadamente, para los tres mustélidos. Con la región control D-Loop, se logró una amplificación buena, pero esta presenta bandas inespecíficas. Una vez purificados los productos de PCR, se llevó a cabo la reacción de secuencia para estos dos fragmentos mitocondriales. Sin embargo, no se obtuvo un resultado positivo. Se recomienda, clonar los fragmentos antes de realizar la secuenciación, y probar temperaturas de hibridación más bajas. Se realizó un análisis filogenético a partir de las secuencias del gen 12S rRNA y la region D-Loop de 27 mamíferos de diferentes órdenes, las cuales se obtuvieron de Genbank. Las secuencias se alinearon con el programa Clustal X (Altchul, 1990), para luego realizar los análisis de parsimonia y distancia por neighbor-joining, con el programa Phylip (Felssnstein, 1993). Se realizó un análisis de Bootstrap de 1000 réplicas, con el fin de darle un soporte a las diferentes agrupaciones obtenidas en los árboles filogenético. En los diferentes árboles se observan las relaciones evolutivas de los mamíferos placentarios. A pesar de que los árboles presentan topologías muy similares, se encuentran mejor descritas en los árboles obtenidos a partir de las secuencias del gen 12S rRNA. Los valores obtenidos a partir del análisis de Bootstrap, son en general mayores al 80%, dándole así un buen soporte estadístico a las agrupaciones realizadas.