Bioinformatic pipeline for phenotype-genotype association analyses with limited genotypic data : Phytophthora infestans and its resistance to mefenoxam case study

Abstract

"Here, we aimed to create a framework to facilitate the analysis of phenotypic and genotypic information collected from oomycete microorganisms. We have used Phytophthora infestans as a model organism to illustrate the potential of a custom pipeline for phenotype-genotype association analyses with limited genotypic data. To this end, we tested the sensitivity of P. infestans to mefenoxam during in vitro assays and attempted to find significant associations between the observed phenotypes and the genotypes of 12 microsatellite markers by combining bioinformatic tools currently available."-- Tomado del Formato de Documento de Grado.

"La aparición de poblaciones de fitopatógenos resistentes a fungicidas representa una amenaza para la producción alimentaria en ecosistemas agriculturales. Los fitopatógenos tienen la capacidad de evolucionar rápidamente para sobrepasar la presión de selección impuesta por la presencia de fungicidas en el campo, conllevando a la emergencia de poblaciones resistentes. Los estudios de asociación a nivel de genoma (GWAS), resultan ser una herramienta poderosa en la identificación de loci asociados con caracteres fenotípicos. Estos estudios se fundamentan en la fenotipifiación y genotipificación de un alto número de individuos de poblaciones naturales para el descubrimiento de asociaciones estadísticamente significativas entre una región genómica y un fenotipo. Los marcadores asociados con una característica fenotípica son utilizados para el monitoreo de las poblaciones del patógeno. Son pocos los estudios que han implementado esta herramienta en el entendimiento de la resistencia de fitopatógenos tales como hongos y oomycetes a fungicidas. En este estudio, hemos utilizado al oomycete modelo Phytophthora infestans..."-- Tomado del Formato de Documento de Grado.