Visualizing taxonomic reports from biological sequence alignments
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Resumen
En el proceso de identificación y clasificación de secuencias, el alineamiento de secuencias cumple una función muy importante. Este proceso consiste en comparar secuencias desconocidas con bases de datos biológicos que están en continuo crecimiento. Estas comparaciones producen grandes cantidades de resultados y extraer información útil de dichos resultados es costoso sin una herramienta que permita resumirlos. La falta de herramientas de análisis de resultados lleva a la clasificación errónea de secuencias. Este proyecto es el resultado de una colaboración cercana con bioinformáticos y una evaluación del estado del arte. Como resultado, se presentan seis tareas comúnmente realizadas por los expertos en el área, con las cuales se buscan principalmente resumir y comparar resultados de alineamientos: para regiones de interés (AT1), reportes taxonómicos (AT2) y descripción de secuencias (AT3). AT1 es el más desarrollado por el estado del arte. Asimismo, AT2 tiene gran cobertura, sin embargo, todavía existen muchas oportunidades de mejora...
Resumen
Biological sequence comparison is a crucial step towards the process of identifying and cataloging new sequences. To achieve this, computational biologists must compare a new sequence to the permanently-growing biological databases. This comparison produces a myriad of results, from where extracting useful information is highly cost-intensive given the lack of tools providing an overview of the results. Moreover, it is possible to mistakenly catalog new sequences due to poor comparison analysis. This project is the outcome of a close collaboration with domain experts and a thorough study of the state of the art. As a result, six analysis tasks commonly performed by bioinformaticians were identified. Each task consists either in summarizing (for single sequence results) or comparing (for multiple sequence results): regions of interest (AT1), taxonomic reports (AT2), and sequences- descriptions (AT3). On the state of the art, AT1 is very well covered, AT2 still has space for improvement and AT3 has been mostly unattended...
