Development of a software solution for genome alignment

Abstract

"En este trabajo presentamos una nueva solución de software para el alineamiento de genomas completos a través de la identificación eficiente de bloques sinténicos construidos a partir de cadenas largas de genes ortólogos. En contraste con herramientas clásicas que construyen alineamientos basados solamente en secuencias similares, las cadenas de ortólogos permite el alineamiento entre cromosomas y genomas muy grandes en solo minutos, con pocos procesadores y 8Gb de memoria RAM. Nuestra solución fue comparada contra algunas de las herramientas más comunes para hacer genómica comparativa, requiriendo significativamente menos tiempo y recursos computacionales para procesar genomas de gran tamaño. Adicionalmente, usando tecnologías de visualización de última generación, proporcionamos vistas novedosas e interactivas del alineamiento generado por nuestro software. Esperamos que este desarrollo represente una contribución importante al campo de la genómica comparativa, facilitando descubrimientos en evolución, genómica funcional y campos relativos." -- Tomado del Formato de Documento de Grado.

"Here we present a new software solution for alignment of complete genomes through the efficient identification of synteny blocks built from large chains of orthologous genes. In contrast with classical tools that build alignments based on raw sequence similarities, ortholog chains enable alignments between chromosomes of large genomes within minutes of computation, requiring fewer processors and less than 8Gb of RAM. Our newly developed solution was benchmarked against some of the most common tools for comparative genomics, taking significantly less time and resources for the processing of larger genomes. Additionally, using state-of-the-art data visualization technologies, we provide novel interactive views of the alignments provided by our software. We expect that this development represents a significant contribution to the field of comparative genomics facilitating further discoveries in evolution, functional genomics and related fields." -- Tomado del Formato de Documento de Grado.