Phage-host interaction prediction through nucleotide signals
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Resumen
"Las bacterias son importantes modeladores de diversos ecosistemas, los bacteriófagos o virus que infectan bacterias son, por lo tanto, factores importantes con la capacidad de modificar la presencia y abundancia de sus huéspedes correspondientes. En la actualidad, la mayoría de los estudios metagenómicos se han centrado en analizar las poblaciones bacterianas y virales por separado, generando una gran parte de las secuencias de bacteriófagos que permanecen no asociadas con su huésped bacteriano, lo que limita nuestro conocimiento sobre las asociaciones entre fagos y bacterias y su impacto en el equilibrio del ecosistema. Por lo tanto, este estudio tiene como objetivo determinar las señales informativas de la composición de nucleótidos para la predicción de las interacciones entre fagos y bacterias, mediante el desarrollo e implementación de un modelo de random forest usando como señal genómica la diferencia en el sesgo de uso de kmer (k = 2, 3, 4 y 6) entre 1448 fagos y 3345 genomas bacterianos de 23 familias taxonómicas." -- Tomado del Formato de Documento de Grado.
Resumen
"Bacteria are important modelers of various ecosystems, bacteriophages or viruses that infect bacteria are, therefore, important factors with the ability to modify the presence and abundance of their corresponding hosts. Currently, most metagenomic studies have focused on analyzing bacterial and viral populations separately, generating a large part of the bacteriophage sequences that remain not associated with their bacterial host, which limits our knowledge about the associations between phages and bacteria and their impact on ecosystem balance. Therefore, this study aims to determine the informative signals of the nucleotide composition for the prediction of the interactions between phages and bacteria, by developing and implementing a random forest model using the difference in bias in k-mer usage (k = 2, 3, 4 and 6) between 1448 phages and 3345 bacterial genomes of 23 taxonomic families." -- Tomado del Formato de Documento de Grado.