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dc.contributor.advisorRestrepo Restrepo, Silvia 
dc.contributor.authorRojas Estevez, Cindy Paola
dc.date.accessioned2021-08-10T18:38:17Z
dc.date.available2021-08-10T18:38:17Z
dc.date.issued2021
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/1992/51679
dc.description.abstractPhytophthora betacei is an oomycete plant pathogen closely related to Phytophthora infestans. It infects tree tomato (Solanum betaceum) in northern South America, but is, under natural conditions, unable to infect potatoes or tomatoes, the main hosts of its sister species P. infestans. We characterized, and compared the effector repertoires of P. betacei and other Phytophthora species. To this end, we used in silico approaches to predict and describe the repertoire of secreted proteins in Phytophthora species and determine unique and core effectors. P. betacei has the largest proteome and secretome of all Phytophthora species evaluated. We identified between 450 and 1933 candidate effector genes in P. ramorum, P. sojae, P. cactorum, P. parasitica, P. palmivora, P. infestans, and P. betacei genomes. The P. betacei predicted secretome contains 5653 proteins, 1126 of which are apoplastic effectors and 807cytoplasmic effectors.eng
dc.description.abstractPhytophthora betacei es un patógeno vegetal oomiceto estrechamente relacionado con Phytophthora infestans. Infecta el tomate de árbol (Solanum betaceum) en el norte de Sudamérica, pero, en condiciones naturales, no puede infectar patatas o tomates, los principales hospedadores de su especie hermana P. infestans. Caracterizamos y comparamos los repertorios efectores de P. betacei y otras especies de Phytophthora. Con este fin, utilizamos enfoques in silico para predecir y describir el repertorio de proteínas secretadas en especies de Phytophthora y determinar efectores únicos y centrales. P. betacei tiene el proteoma y secretoma más grandes de todas las especies de Phytophthora evaluadas. Identificamos entre 450 y 1933 genes efectores candidatos en los genomas de P. ramorum, P. sojae, P. cactorum, P. parasitica, P. palmivora, P. infestans y P. betacei. El secretoma predicho de P. betacei contiene 5653 proteínas, 1126 de las cuales son efectores apoplásicos y 807 efectores citoplásmicos.spa
dc.format.extent30 hojas
dc.language.isoeng
dc.publisherUniversidad de los Andes
dc.titleEffector repertoire of Phytophthora betacei : in search of possible virulence factors responsible for its host specificityspa
dc.typeTrabajo de grado - Maestría
dc.publisher.programMaestría en Biología Computacional
dc.publisher.facultyFacultad de Ciencias
dc.publisher.departmentDepartamento de Biología
dc.contributor.juryDuitama Castellanos, Jorge Alexander
dc.contributor.juryLópez Carrascal, Camilo Ernesto
dc.type.driverinfo:eu-repo/semantics/masterThesis
dc.subject.armarcOomicetes - Microbiología - Investigaciones
dc.subject.armarcPhytophthora - Investigaciones
dc.subject.armarcParásitos en las plantas - Investigaciones
dc.subject.armarcPlantas parásitas - Plantas hospedantes - Investigaciones
dc.subject.armarcPatología vegetal - Investigaciones
dc.subject.armarcGenómica comparativa
dc.subject.armarcBiología computacional - Investigaciones
dc.subject.armarcRelaciones planta-microbio - Investigaciones
dc.type.versioninfo:eu-repo/semantics/acceptedVersion
dc.description.degreenameMagíster en Biología Computacional
dc.description.degreelevelMaestría
dc.identifier.instnameinstname:Universidad de los Andes
dc.identifier.reponamereponame:Repositorio Institucional Séneca
dc.identifier.repourlrepourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.type.coarhttp://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc
dc.type.coarversionhttp://purl.org/coar/version/c_ab4af688f83e57aa
dc.type.contentText
dc.type.redcolhttp://purl.org/redcol/resource_type/TM
dc.rights.coarhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.relation.localu838933


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